Ligoninėje funkcionuoja šie skyriai:

  • Priėmimo-skubios pagalbos skyrius
  • Terapijos ir neurologijos skyrius
  • Pediatrijos skyrius
  • Chirurgijos ir traumatologijos skyrius
  • Akušerijos- ginekologijos skyrius
  • Operacinės, reanimacijos ir intensyvios terapijos skyrius
  • Pasvalio palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius
  • Joniškėlio palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius
  • Psichiatrijos skyrius
  • Fizinės medicinos ir reabilitacijos skyrius
  • Vaikų raidos sutrikimų ankstyvosios reabilitacijos tarnyba